Uno de los aspectos más destacados de este periodo fue la ausencia de Lionel Messi y otros denominados históricos, como Ángel Di María, Sergio Agüero, Gonzalo Higuaín, y Éver Banega, aunque Scaloni sí incluyó en sus filas a algunos experimentados, camisetas de futbol como el guardameta Sergio Romero y el defensor Nicolás Otamendi. En la temporada 2016-2017 volvió a militar en el grupo IV de Segunda B, consiguiendo 48 puntos y terminando, como en su primera campaña en la categoría, en la 11ª posición.